商业贷款和公积金贷款的评估费相同，而不同的是商业贷款需要交保险费和律师费，而公积金贷款只需再交纳担保费，不必交律师费。2004年6月底公积金管理中心就评估费和担保费都做了下浮的调整，抵押物评估费从5‰调至3‰，同时担保费用也大幅下降，平均降幅达到37%。至此借款人平均负担的担保费将为贷款金额的0.8%，以30年贷款为例，每万元担保费已从268元降到了96.8元。

    还款方式自由，灵活度高

    从2005年1月1日起，公积金住房管理中心取消了等额本金和等额本息两种还款方式，公积金贷款改为统一的自由还款方式，只限定最低还款额，贷款人可根据自己的支付能力确定实际还款额并可以随时调整，还款资金在时间上变得自由。

    利率低，利息支出少

    由于现在办理公积金贷款和商贷的手续费已经相差无几，因此公积金的利息支出少的优势将十分明显。随着利率的又一次上调，市场专业人士分析认为，公积金贷款的优势正在逐日加大。