据台湾媒体报道，吕秀莲在接下代理民进党主席一职后，许多言行在党内产生争议，特别是十日公开表示她是在替陈水扁“看守党中央”的一番话，让陈水扁忍不住发飙，指责吕秀莲实在“吃人够够”，因此周一原本例行与“副总统”、党主席的固定会晤行程，全部取消。

据了解，吕秀莲接下民进党代理主席之后，能见度更上一层楼，不但大动作邀约各界，交换意见，更时发惊人之语。她昨日到高雄市勘查高雄捷运工安事故现场，不仅称高捷事件是“高雄事件”，更直接宣布要成立民间监督联盟调查高捷。在回答记者提问时，她说她无意补选党主席，并称依民进党章第十五条，只要民进党党员担任“总统”，就是当然的党主席，她是替“总统”看守民进党。

吕秀莲此举令陈水扁极为不满。十日晚上，从电视上看到吕秀莲说要替“总统”看守中央党部，阿扁就已十分不爽，觉得这种说法很不恰当。而对于代理党主席，陈水扁认为，依照惯例也就是由“立法院”党团总召代理就好，他从来没有指派谁代理党主席；对吕秀莲代理党主席一事，他根本事前不知情，怎么可能会传出支持吕秀莲的话？于是立刻告知几位核心人士，取消周一的例行扁吕会。

据悉，这是陈水扁自2000年选择吕秀莲担任副手以来，对吕最直接的强烈反感动作，显示扁吕矛盾又一次不顾情面地公开化。