小说同时以细腻、婉曲的笔触叙写了郑远海与梅杏儿、秦思婷，南克江与郑秀竹感人至深的爱情故事，真实揭示了新一代年轻军人的情爱观、婚恋观。
 
　　旗舰 第一部分 
  
　　军舰驾驶舱内，一位身材瘦削的将军紧紧盯着舷窗外，一张刻满岁月烙印的脸在左右肩上两颗金黄将星的衬映下，显得坚毅、威严，军舰劈波而行，透过舷窗，将军看到前方的海面上出现了一只橘红色的浮标，随着浪涌来回晃动着，他原本不动的嘴角猛然抖动了一下。舰长来到将军身后，轻声说道：“参谋长，我舰已经到达了当年‘红远号’沉没的地方。”将军慢慢转回身，戴正军帽，向舱门外走去。

　　旗舰 第二部分 
  
　　陈建军走后，郑远海还时常想起他。从最初在陆战旅叫他“魔鬼”，到猪场开始怨恨他，再到后来陈建军把他要上舰，二人之间的关系总是磕磕绊绊，有摩擦也有相互欣赏。记不清是哪个名人说过，一个失去对手的人是寂寞的。郑远海现在就有这种感觉，他想不通自己什么地方能和陈建军成为对手，一个比他大三岁兵龄却比他长了十一年的人。他很羡慕陈建军能去舰院深造，不知道自己将来会不会有这样的机会。原以为揣着大学学历到舰上当个干部已经绰绰有余了，可真正到了舰上才明白，隔行如隔山。他就像一个铁匠被分去干木匠活一样有劲使不出来。所以他渴望去学习，渴望能有个地方把铁匠的拙力转化成木匠的巧劲。没过多久，这种机会来了，机会源于他和鲁淮成的一次谈话。“你心目中的军舰应该是什么样的？”
 
 　　旗舰 第三部分 
  
　　漆黑的夜空被乌云笼罩得不见一丝光亮，茫茫的大海仿佛被一口巨大的铁锅给扣得严严实实，不见一点儿缝隙，不透一丝空气。郑远海、梅杏儿被扣在“大锅”下，时而被巨浪打入水下，时而随波涛浮出水面，他们感觉要窒息了，想喘口气是那么地不容易。恐惧、绝望吞噬着梅杏儿活下去的信念，冰冷的海水悄悄融化着她身上的热量，整个人就像吐丝的蚕，一点点变轻、变薄、变得透明起来，变得和海水一样没有了颜色，她已经开始出现幻觉。郑远海用力拍打着她的脸，呼唤着她的名字，给她勇气，给她力量，拼命和紧紧缠绕她的死神争夺她的意识。但他的努力在咆哮的巨浪中化为乌有，梅杏儿昏迷过去。