这个时候光绪刚刚归政时间不长，慈禧马上就觉得事态严重，于是紧急传唤光绪。光绪知道坏事了，他首先想到的是隆裕告了他的状，但看慈禧脸色铁青，懦弱的光绪最后不得不讲出了实情，于是，慈禧命人将隆裕和珍妃、瑾妃一起带到她面前。慈禧质问珍妃，为什么这么做，珍妃不仅不害怕，还顶撞了慈禧几句，慈禧马上就要爆发了，而珍妃还在辩解。慈禧愤怒了，问道：“你知道错了吗？”珍妃不回答。

    于是慈禧命人将珍妃毒打了一顿，并且吩咐：念在你年龄还小，就不从重处罚你了，将珍妃、瑾妃降为贵人。这个时候，珍妃向隆裕投去了一个恶毒的眼神。

    根据清宫档案记载，珍妃在十月二十八日这天遭到了“褫衣廷杖”，就是被扒去衣服进行杖打。在清朝的历史上，皇妃遭受这样的处罚还是第一次。这个时候，无论是光绪还是翁同和都在为珍妃、瑾妃求情，建议大事化小，但珍妃的倔脾气上来了，根本不管不顾，还在跟慈禧顶嘴。珍妃说自己今天所做的一切，都是在学慈禧，而且说破坏了祖宗家法，也是在学慈禧。慈禧愤怒了，她没有想到自己平日里喜欢的珍妃这么不给自己面子，所以一气之下决定从严办理，当场扒去珍妃的衣服进行杖刑，珍妃被打得遍体鳞伤。可怜的隆裕当场被吓晕过去，可醒过来的时候，听到的第一句话却是正在愤怒的慈禧说：“即便是吓死皇后，从今以后也再不会为光绪册立皇后。”慈禧认为隆裕这个皇后当得不合格。

    犯事儿的嫔妃都要交给皇后严加管束，于是隆裕将珍妃幽闭在牢院，命太监总管专门严加看守，从此与光绪隔绝，不能见面。这样一来，光绪对隆裕的态度更加恶劣了，甚至认为这是隆裕对珍妃的打击报复。

    后来又有珍妃穿龙袍的事情。这在当时甚至有篡位夺权的影子了，慈禧把光绪和珍妃责骂了一顿，但他们不但不悔过，还认为这件事情是隆裕告诉了慈禧，所以对隆裕恶语相加。这个时候，隆裕只对光绪说了一句话：“皇上还是以国家大事为重吧。”可没想到，就是这句话，招来了光绪的一顿臭骂，甚至当着众人的面打了隆裕。隆裕又羞又愤，大病一场。