东晋
咸和六年(331年) 分南海郡，置东官郡，同时置宝安县。东官郡领宝安、安怀、兴宁、海丰、海安、欣乐六县。唐至德二年(757年)宝安更名东莞。故东莞立县自咸和六年始。
　　
南朝
齐时(479—502) 东官郡辖县有八：安怀、宝安、海安、欣乐、海丰、齐昌、陆安、兴宁。徙郡治于安怀(安怀在东莞大朗镇东)。

梁时(502—557) 徙郡治于增城。领增城、宝安、海安、海丰、兴宁五县。

隋开皇十年(590年) 郡废。

唐
至德二年(757年) 改宝安县为东莞县，移县治于到涌(今莞城)。

乾符六年(879年) 黄巢的起义军攻陷广州，曾分兵至县境归城里、梅塘一带。

五代
南汉大宝元年(958年) 于屯门山设置屯门镇(今属香港)。

五年(962年) 象群践害庄稼，后主命官捕杀。莞人邵廷聚骨建石塔以镇之，俗称镇象塔。

六年(963年) 置媚川都于东莞，专以采珠为事。

宋
开宝五年(972年) 并入增城县(翌年复置)。东莞有桂角、香山崖二银场；有靖康、归德、东莞三盐场，每年有大量海盐出产。

元祐二年(1087年) 东莞知县李岩倡筑东江堤，以防东江洪水；两年后，又筑咸潮堤，防海潮侵害。

南宋
绍兴二十二年(1152年) 分东莞的香山镇建立香山县(今中山市)。

德祐二年(1276年) 元兵破临安(今杭州)，南宋危急，莞人熊飞在榴花村起兵勤王。

景炎三年(1278年) 端宗卒于硇洲。卫王昺继承帝位于硇洲。

元
至正十五年(1355年) 东莞人民纷纷起义，王成据石冈、福隆、石涌、横沥等处；陈仲玉据吴园；李确卿据南栅、靖康场；文仲举据东浦；吴彦明据南头、东莞场。还有曾伯田、郑润卿、杨润卿、梁国瑞、刘显卿、萧汉明等亦纷纷起兵，各据一方，抗击元兵。